# BindingDB 许可证声明：宽松，须相同方式共享（CC-BY-3.0）；本站处理：只链接原出处。各部分均宽松，条件取各部分的并集。来源风险标记：derived。 - 能否商用：是 · 能否改编：是 · 能否再分发：是 · Mdexa 提供文件：否 - 许可证状态：宽松 (CC-BY-3.0) - Mdexa 处理：只链接 — 许可证宽松，须相同方式共享：各部分均宽松，条件取各部分的并集。来源风险标记：加工自其他数据集。只链接原出处。 - 来源风险：加工自其他数据集 - 最近核实：2026-11-14 - 信息卡：https://mdexa.com/zh/datasets/bindingdb/ ## 关键事实 - 领域：药学与药物 - 内容类型：结构化数据库 - 规模：— — 3.2M data for 1.4M Compounds and 11.5K Targets - 语言：英文 - 模态：表格 - 发布方：University of California San Diego (BindingDB) - 年份：— ## BindingDB 是否允许商业使用 - 商业使用：是。 整体结论取各部分中最严的一项；各部分许可不同，见下列。 - 许可状态：宽松。 - 条件：署名、相同方式共享 - 许可部分：Data imported from ChEMBL — 宽松 (CC-BY-SA-3.0) - 许可部分：data curated by BindingDB staff — 宽松 (CC-BY-3.0) 结论仅记录来源所述，不构成法律意见。 ## BindingDB 许可证证据 各部分均宽松，条件取各部分的并集 - **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Data imported from ChEMBL are provided under their Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License ." — https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12; 亲自打开) - **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "All data curated by BindingDB staff are provided under the Creative Commons Attribution 3.0 License ." — https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12; 亲自打开) - **数据集页面**：在快照 s02（page）中找到：Part "data imported from ChEMBL" — "Data imported from ChEMBL are provided under their Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License" — https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12; 亲自打开) - **数据集页面**：在快照 s02（page）中找到：Part "data curated by BindingDB staff" — "All data curated by BindingDB staff are provided under the Creative Commons Attribution 3.0 License" — https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12; 亲自打开) ## 来源与血缘 — - 加工自：ChEMBL - 加工自：PubChem confirmatory BioAssays ## BindingDB 已知问题 — ## 预检 未预检（数据未入库）。 ## BindingDB 下载、接口与获取方式 Mdexa 站内不提供文件。原始出处： - https://www.bindingdb.org/ - https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp ### 取用配方 - 接口 getLigandsByUniprot：`https://bindingdb.org/rest/getLigandsByUniprot?uniprot={UNIPROT};{IC50cutoff}` · 示例 `https://bindingdb.org/rest/getLigandsByUniprot?uniprot=P35355;100&response=application/json` ## BindingDB 引用格式 原始资料没有给出推荐引用文本。 ## 机器可读 - JSON: https://mdexa.com/datasets/bindingdb.json - 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-14 实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。 - 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-14 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-14 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 - 2026-11-13 经自动流水线收录并通过全部校验（门禁、逐字引用、判定引擎、两轮独立抽取）。 ## 实用信息 ### 内容范围 - BindingDB 包含约 3,241,782 条结合数据，涵盖 11,509 个蛋白质和超过 1,440,011 个类药分子。 > BindingDB currently contains about 3,241,782 binding data for 11,509 proteins and over 1,440,011 drug-like molecules. https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) - 其中 160 万条数据、77.2 万个化合物和 4.8 千个靶标是由 BindingDB 策展人员整理的。 > Of those, 1.6M data for 772K Compounds and 4.8K Targets were curated by BindingDB curators. https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) - 数据采集来自多种测量技术，包括酶抑制与动力学、等温滴定量热法、核磁共振以及放射配体和竞争分析。 > The data collection derives from a variety of measurement techniques, including enzyme inhibition and kinetics, isothermal titration calorimetry, NMR, and radioligand and competition assays. https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) - BindingDB 包含该项目从文献和专利中提取的数据、选定的 PubChem 确证性生物测定，以及具有明确定义蛋白质靶标的 ChEMBL 条目。 > BindingDB includes data extracted from the literature and patents by the BindingDB project, selected PubChem confirmatory BioAssays, and ChEMBL entries for which a well defined protein target ("TARGET_TYPE='PROTEIN'") is provided. https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) - BindingDB 还包含一小部分主客体结合数据。 > BindingDB also includes a small collection of host-guest binding data of interest to chemists studying supramolecular systems. https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) ### 标识符 - BindingDB 使用单体（化合物）ID，并有一个下载文件将其映射到 PubChem CID。 > BindingDB_CID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to PubChem CIDs. 23.67 MB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - BindingDB 使用聚合物（单一蛋白质）ID，并在一个下载文件中映射到 UniProt ID。 > BindingDB_UniProt.txt ( Mapping of BindingDB polymer (single protein) IDs to UniProt IDs. 572.93 KB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 PubChem CID。 > BindingDB_CID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to PubChem CIDs. 23.67 MB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 PubChem SID。 > BindingDB_SID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to PubChem SIDs. 24.44 MB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 CHEBI ID。 > BindingDB_CHEBI_ID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to CHEBI IDs. 191.64 KB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 DrugBank ID。 > BindingDB_DrugBankID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to DrugBank IDs. 41.02 KB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 一个下载文件将 BindingDB 聚合物（单一蛋白质）ID 映射到 UniProt ID。 > BindingDB_UniProt.txt ( Mapping of BindingDB polymer (single protein) IDs to UniProt IDs. 572.93 KB, updated 2026-10-01) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 一个下载文件收集了 BindingDB 中的 PubMed ID。 > BindingDB_PubMed.txt ( Collection of PubMed IDs in BindingDB. 396.56 KB, updated 2026-11-13) https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) ### 取用方式 - 网页接口：https://www.bindingdb.org/rwd/bind/BindingDBRESTfulAPI.jsp - 批量下载：https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp - 数据库转储：https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp - 数据库转储：https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/SDFdownload.jsp?all_download=yes - 仅网页界面：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ ### 版本 - 202611 发布版文件 BindingDB_All_202611_tsv.zip 标注更新于 2026-10-31。 > BindingDB_All_202611_tsv.zip ( 566.75 MB, updated 2026-10-31 ) md5 https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - 这些下载文件在有新数据加入时更新，通常每月一次。 > These files updated when new data are added, usually monthly https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) - Oracle 数据库转储 BDB-Oracle_All_202502_dmp.zip 被列为已停止提供。 > Full BindingDB Database Dump Oracle DB: BDB-Oracle_All_202502_dmp.zip (Discontinued) ( 837.50 MB, updated 2025-03-26) md5 https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp (2026-11-13) ### 已知缺陷与常见误用 - BindingDB 作者：最常见的整理错误（BindingDB 或 ChEMBL 造成）是 1000 倍单位错误，如把 µM 的 IC50 记成 nM。 > These appear most commonly as a factor of 1000 error resulting from miscuration of e.g. an IC50 value as nanomolar instead of micromolar or vice versa . https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ (2026-11-13) - BindingDB 作者：其次常见的是靶蛋白识别错误，多发生在一篇专利或文章涉及多个靶点或亚型时。 > Based on user feedback, the next most common error appears to be misidentification of a protein target. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ (2026-11-13) - 来源专利或文章本身的错误 BindingDB 难以发现，只有同一亲和力被多次测量时才可能作为离群值显现。 > Such errors are difficult for us to discover and hence correct, though they might be flagged as outliers in cases where the same protein-ligand affinity has been measured more than once. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ (2026-11-13) ### 适合的任务 - BindingDB 声明其通过文献追踪和 SAR/QSAR 开发，以及对接、打分和自由能方法等计算方法的验证，支持药物化学和药物发现。 > BindingDB supports medicinal chemistry and drug discovery via literature awareness and development of structure-activity relations (SAR and QSAR); validation of computational chemistry and molecular modeling approaches such as docking, scoring and free energy methods https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) - 为帮助训练和测试 AI 及其他模型，BindingDB 下载数据和搜索结果提供每条测定的出版日期与 BindingDB 策展日期。 > To help with training and testing AI and other models, BindingDB downloads and search results now provide the publication date and BindingDB curation date of each measurement. https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp (2026-11-12) ### 尚无有出处的说明 不适合的任务, 商业授权入口 ## 在本库继续查找 本条目是 109 条已处理并核实的记录之一（数据集、数据资源与开源模型）。查找其他条目：调用 `https://mcp.mdexa.com/v1/datasets?q=<关键词>`，或连接 MCP 服务 `https://mcp.mdexa.com/mcp`；每分钟 20 次以内无需密钥。每行返回不到 1 KB；空结果即"数据库未收录"。核对一份清单：一次批量核对（免费账号）即返回报告。说明：/agents.md。相似条目：TopU-LBVS: Multi-Target Benchmark for Ligand-Based Virtual Screening (https://mdexa.com/zh/datasets/topu-lbvs/)；Therapeutics Data Commons (https://mdexa.com/zh/datasets/tdc/)；ChEMBL (https://mdexa.com/zh/datasets/chembl/)。