# ChEMBL

许可证声明：宽松，须相同方式共享（CC-BY-SA-3.0）；本站处理：只链接原出处。各部分均宽松，条件取各部分的并集。

- 能否商用：是 · 能否改编：是 · 能否再分发：是 · Mdexa 提供文件：否
- 许可证状态：宽松 (CC-BY-SA-3.0)
- Mdexa 处理：只链接 — 许可证宽松，须相同方式共享：各部分均宽松，条件取各部分的并集。只链接原出处。
- 最近核实：2026-11-14
- 信息卡：https://mdexa.com/zh/datasets/chembl/

## 关键事实

- 领域：药学与药物
- 内容类型：结构化数据库
- 规模：—
- 语言：英文
- 模态：表格
- 发布方：EMBL-EBI
- 年份：—

## ChEMBL 是否允许商业使用

- 商业使用：是。
整体结论取各部分中最严的一项；各部分许可不同，见下列。
- 许可状态：宽松。
- 条件：署名、相同方式共享
- 许可部分：ChEMBL data — 宽松 (CC-BY-SA-3.0)
结论仅记录来源所述，不构成法律意见。

## ChEMBL 许可证证据

各部分均宽松，条件取各部分的并集

- **使用条款页**：在快照 s01（page）中找到的声明 — "Access to the web interface of ChEMBL is made under the EBI's Terms of Use ." — https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页** — CC-BY-SA-3.0：在快照 s01（page）中找到的声明 — "The ChEMBL data is made available on a Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License." — https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about (2026-11-13; 亲自打开)

## 来源与血缘

—

## ChEMBL 已知问题

—

## 预检

未预检（数据未入库）。

## ChEMBL 下载、接口与获取方式

Mdexa 站内不提供文件。原始出处：
- https://www.ebi.ac.uk/chembl/
- https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about

### 取用配方

- 最新版本：chembl_37 (2026-01-05)
- 接口 Molecule：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule?molecule_properties__mw_freebase__lte=300`
- 接口 Target：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target?pref_name__contains=cyclin`
- 接口 Activity：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity?limit=20&offset=20`
- 接口 Assay：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/assay` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/assay.xml`
- 接口 Document：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/document` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/document.yaml`
- 接口 Drug：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/drug`
- 接口 Mechanism：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/mechanism`
- 接口 Status：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/status` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/status`
- 接口 Image：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/image/CHEMBL1` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/image/CHEMBL25?format=svg`
- 接口 Cell Line：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/cell_line` · 示例 `https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/cell_line?cell_source_tissue__iendswith=carcinoma`
- 接口 Organism：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/organism`
- 接口 Target Component：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target_component`
- 接口 X-Ref (Cross references)：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/xref_source`
- 批量下载：`https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity`

## ChEMBL 引用格式

原始资料没有给出推荐引用文本。

## 机器可读

- JSON: https://mdexa.com/datasets/chembl.json
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 经自动流水线收录并通过全部校验（门禁、逐字引用、判定引擎、两轮独立抽取）。

## 实用信息

### 内容范围

- 该页面称 ChEMBL 是一个生物活性类药小分子数据库，包含二维结构、计算属性（如 logP、分子量）以及抽取的生物活性数据。
  > ChEMBL is a database of bioactive drug-like small molecules, it contains 2-D structures, calculated properties (e.g. logP, Molecular Weight, Lipinski Parameters, etc.) and abstracted bioactivities (e.g. binding constants, pharmacology and ADMET data).
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about (2026-11-13)
- 文本说明这些数据从原始科学文献中抽取和整理，覆盖现代药物构效关系（SAR）与发现的相当一部分。
  > The data is abstracted and curated from the primary scientific literature, and cover a significant fraction of the SAR and discovery of modern drugs
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about (2026-11-13)

### 标识符

- 文本说明子结构与相似性服务接受 SMILES、InChI Key 和分子 ChEMBL_ID 作为参数。
  > These methods accept SMILES, InChI Key and molecule ChEMBL_ID as arguments and in the case of similarity searches an additional identity cut-off is needed.
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services/chembl-data-web-services (2026-11-13)
- X-Ref 端点被描述为提供化合物与其他资源之间的交叉引用。
  > Cross references to other resources for compounds
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services/chembl-data-web-services (2026-11-13)

### 取用方式

- 批量下载：https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/README
- 网页接口：https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule
- 批量下载：https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/downloads
- 网页接口：https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
- 数据库转储：https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/
- 仅网页界面：https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/about

### 版本

- 文本说明 ChEMBL 的版本为 chembl_37。
  > ChEMBL data is from http://www.ebi.ac.uk/chembl - the version of ChEMBL is chembl_37.
  https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/README (2026-11-13)
- 版本间存在表结构变更：ChEMBL 37 弃用 CURATION_LOOKUP、PROTEIN_CLASS_SYNONYMS 两张表及 CELL_DICTIONARY.CL_LINCS_ID、ASSAYS.CURATED_BY 两个字段，新增 ACTIVITIES.MODALITY。
  > # Tables that have been deprecated since ChEMBL 36: CURATION_LOOKUP PROTEIN_CLASS_SYNONYMS
  https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/chembl_37_release_notes.txt (2026-11-13)
- ChEMBL 36 因对 ATC、BNF 来源采用更严格的“已批准”解释，已上市药物（MAX_PHASE）数量大幅变化；ChEMBL 37 经人工核对又将 169 个化合物恢复为 MAX_PHASE 4，官方称近期版本间仍会有差异。
  > Differences in ATC MAX_PHASE will still exist between recent ChEMBL releases, as this curation effort is ongoing.
  https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/chembl_37_release_notes.txt (2026-11-13)

### 已知缺陷与常见误用

- ChEMBL 在 potential_duplicate 列中标记可能是对早先测量的重复引用。
  > Identification of potential duplicate values - where an activity measurement is likely to be a repeat citation of an earlier measurement, rather than an independent measurement (flagged using the potential_duplicate column).
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/frequently-asked-questions/chembl-data-questions (2026-11-13)
- Landrum 与 Riniker：以最低限度筛选合并 ChEMBL 不同测定的 IC50，一致性差（约 65% 的成对数据相差 >0.3 个对数单位，27% 相差 >1）；严格匹配测定元数据可减轻但不能消除噪声，Ki 也有类似噪声。
  > IC 50 assays selected using minimal curation settings have poor agreement with each other: almost 65% of the points differ by more than 0.3 log units, 27% differ by more than one log unit
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10934815/ (2026-11-13)
- Kalliokoski 等结论较温和：ChEMBL IC50 数据的标准差只比 Ki 大约 25%，混合不同测定的 IC50 只增加中等程度的噪声。
  > The standard deviation of IC 50 data is only 25% larger than the standard deviation of K i data, suggesting that mixing IC 50 data from different assays, even not knowing assay conditions details, only adds a moderate amount of noise to the overall data.
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3628986/ (2026-11-13)
- Kramer 等发现 ChEMBL 的 Ki 数据含单位转录错误、未区分的立体异构体与重复引用（占全部成对数据的 90%），估计实验不确定性决定的 R² 上限约 0.81。
  > Careful filtering of the data was required because ChEMBL contains unit-transcription errors, undifferentiated stereoisomers, and repeated citations of single measurements (90% of all pairs).
  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22643060/ (2026-11-13)
- ChEMBL 37 在 BindingDB 与 SureChEMBL 专利来源内部及之间发现并去除 13 份重复文献。
  > 13 intra-source and inter-source duplicate documents were identified.
  https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/chembl_37_release_notes.txt (2026-11-13)

### 适合的任务

- 文本说明子结构与相似性 Web 服务资源可用于检索 ChEMBL 的化学内容。
  > The 'Substructure' and 'Similarity' web service resources allow for the chemical content of ChEMBL to be searched.
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services/chembl-data-web-services (2026-11-13)
- Landrum 与 Riniker 提醒：把不同测定的文献 IC50 合并成一个机器学习数据集在科学上有风险，对 ChEMBL 这类大型文献集合尤甚。
  > the risks of assays being incompatible are even higher when pulling data from large collections of literature data like ChEMBL.
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10934815/ (2026-11-13)

### 不适合的任务

- 文本说明 Image 资源与其他资源不同，不接受过滤和分页参数。
  > Unlike the other resources it does not except filtering and paging arguments, but does accept image specific arguments.
  https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services/chembl-data-web-services (2026-11-13)

### 尚无有出处的说明

更新周期, 商业授权入口

## 在本库继续查找

本条目是 109 条已处理并核实的记录之一（数据集、数据资源与开源模型）。查找其他条目：调用 `https://mcp.mdexa.com/v1/datasets?q=<关键词>`，或连接 MCP 服务 `https://mcp.mdexa.com/mcp`；每分钟 20 次以内无需密钥。每行返回不到 1 KB；空结果即"数据库未收录"。核对一份清单：一次批量核对（免费账号）即返回报告。说明：/agents.md。相似条目：DDInter (https://mdexa.com/zh/datasets/ddinter/)；ClinPGx/PharmGKB (https://mdexa.com/zh/datasets/pharmgkb/)；DrugCentral (https://mdexa.com/zh/datasets/drugcentral/)。