# RCSB Protein Data Bank

许可证声明：宽松（CC0-1.0）；本站处理：只链接原出处。各部分均宽松，条件取各部分的并集。

- 能否商用：是 · 能否改编：是 · 能否再分发：是 · Mdexa 提供文件：否
- 许可证状态：宽松 (CC0-1.0)
- Mdexa 处理：只链接 — 许可证宽松：各部分均宽松，条件取各部分的并集。只链接原出处。
- 最近核实：2026-11-14
- 信息卡：https://mdexa.com/zh/datasets/rcsb-pdb/

## 关键事实

- 领域：基因与组学
- 内容类型：结构化数据库
- 规模：—
- 语言：英文
- 模态：文本
- 发布方：RCSB PDB (wwPDB)
- 年份：1971

## RCSB Protein Data Bank 是否允许商业使用

- 商业使用：是。
整体结论取各部分中最严的一项；各部分许可不同，见下列。
- 许可状态：宽松。
- 条件：署名、保留声明
- 许可部分：data files contained in the PDB archive — 宽松 (CC0-1.0)
- 许可部分：RCSB PDB programmatic APIs — 宽松 (CC0-1.0)
- 许可部分：RCSB PDB software products — 宽松 (Apache-2.0)
- 许可部分：Molecule of the Month illustrations — 宽松 (CC-BY-4.0)
- 许可部分：PDB-101 content — 宽松 (CC-BY-4.0)
- 许可部分：Other RCSB.org content — 宽松 (CC-BY-4.0)
结论仅记录来源所述，不构成法律意见。

## RCSB Protein Data Bank 许可证证据

各部分均宽松，条件取各部分的并集

- **使用条款页** — CC0-1.0：在快照 s02（page）中找到的声明 — "The wwPDB policy states that data files contained in the PDB archive are available under the CC0 1.0 Univer" — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Data provided by RCSB PDB programmatic APIs are available under the same license unless they originate from an integrated external resource , in which case the licensing restrictions applied by the data provider must be followed." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "RCSB PDB software products are distributed under the terms of an open source license ( MIT or Apache 2.0 )." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Molecule of the Month articles are copyrighted by RCSB PDB and the article authors. Text can be reprinted with permission, with attribution, and without the right to manipulate or change content." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页** — CC-BY-4.0：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Molecule of the Month illustrations are available under a CC-BY-4.0 license ." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页** — CC-BY-4.0：在快照 s02（page）中找到的声明 — "PDB-101 content is free for use under a CC-BY-4.0 license" — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Global Health articles are copyrighted by RCSB PDB and the article authors." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **使用条款页** — CC-BY-4.0：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Other RCSB.org content ( e.g. , user guide documentation, statistics graphs, other screenshots) is available under a CC-BY-4.0 license ." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)
- **数据集页面**：在快照 s02（page）中找到：Part "integrated external resource" — "unless they originate from an integrated external resource , in which case the licensing restrictions applied by the data provider must be followed." — https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12; 亲自打开)

## 来源与血缘

—

## RCSB Protein Data Bank 已知问题

—

## 预检

未预检（数据未入库）。

## RCSB Protein Data Bank 下载、接口与获取方式

Mdexa 站内不提供文件。原始出处：
- https://www.rcsb.org/
- https://www.rcsb.org/pages/policies

### 取用配方

- Atomic coordinates · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/
- X-ray data: Structure Factors · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/structure_factors/
- NMR data: Restraints and chemical shifts · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_data/
- NMR chemical shifts · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_chemical_shifts/
- Small molecules references: CCD · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/
- Small molecules references: BIRD · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/bird
- Assemblies (mmCIF) · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/assemblies/mmCIF/
- Assemblies (PDB) · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/biounit/PDB/
- Archive holdings · https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/
- RCSB PDB coordinate files in PDB Exchange Format (mmCIF) · https://files.rcsb.org/pub/pdb/data/structures/divided/mmCIF
- RCSB PDB coordinate files in PDBML format · https://files.rcsb.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML
- RCSB PDB coordinate files in PDB format · https://files.rcsb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb
- 批量下载：`rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 \ rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ ./mmCIF`
- 批量下载：`rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 \ rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/XML/ ./XML`
- 批量下载：`rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 \ rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/pdb/ ./pdb`
- 批量下载：`rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 \ rsync.rcsb.org::ftp/validation_reports/ ./validation_reports`
- 批量下载：`aws s3 sync s3://pdbsnapshots/ ./local-directory/ --no-sign-request`
- 批量下载：`aws s3 sync s3://pdbsnapshots/20250101/ ./local-directory/20250101 --no-sign-request`

## RCSB Protein Data Bank 引用格式

原始资料没有给出推荐引用文本。
- 10.1093/nar/28.1.235
- 10.1093/nar/gkae1091
- 10.1093/nar/gky949

## 机器可读

- JSON: https://mdexa.com/datasets/rcsb-pdb.json
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
- 2026-11-13 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
- 2026-11-13 经自动流水线收录并通过全部校验（门禁、逐字引用、判定引擎、两轮独立抽取）。

## 实用信息

### 内容范围

- 自1971年以来，PDB档案一直被称为蛋白质、核酸和复杂组装体三维结构信息的单一存储库。
  > Since 1971, the Protein Data Bank archive (PDB) has served as the single repository of information about the 3D structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies.
  https://www.wwpdb.org/ (2026-11-13)
- 由X射线晶体学、核磁共振、电子显微镜、中子衍射、粉末衍射和纤维衍射产生的坐标集，只要所研究的分子满足最小尺寸要求，就可以存入PDB。
  > Currently, coordinate sets produced by X-ray crystallography, NMR, electron microscopy, neutron diffraction, powder diffraction, and fiber diffraction can be deposited to the PDB, provided the molecule studied meets the minimum size requirement.
  https://www.wwpdb.org/documentation/policy (2026-11-13)

### 标识符

- PDB条目会被分配一个PDB ID，并且常由结构作者在出版物中描述。
  > PDB entries are assigned a PDB ID and are frequently described in a publication by the structure authors.
  https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12)
- core_entry对象对应PDB条目或计算结构模型，由entry_id标识，该标识可以是字母数字PDB-ID，或以AF_或MA_开头的CSM-ID。
  > core_entry : data that relates to a PDB entry or Computed Structure Model (CSM). Identified by an entry_id, which can be an alphanumeric PDB-ID or a CSM-ID that starts with AF_ or MA_
  https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview (2026-11-13)
- core_chem_comp对象是化学组分，由唯一的字母数字代码chem_comp_id标识。
  > core_chem_comp : a chemical component. Identified by a unique alphanumeric code chem_comp_id
  https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview (2026-11-13)
- Sequence Coordinates API提供结构数据库与序列数据库之间的比对，比对数据涵盖NCBI RefSeq、UniProt和PDB序列。
  > The Sequence Coordinates API provides alignments between structural and sequence databases and integrates protein positional features from multiple resources. Alignment data is available for NCBI RefSeq (including protein and genomic sequences), UniProt and PDB sequences.
  https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview (2026-11-13)

### 取用方式

- 网页接口：https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview
- 批量下载：https://files.wwpdb.org
- 网页接口：https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/file-download-services

### 版本

- PDB档案和版本化档案每周三00:00 UTC更新。
  > The PDB archive and versioned archive are updated every Wednesday at 00:00 UTC.
  https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites (2026-11-13)
- 2027年7月21日及以后存缴的PDB条目将使用12字符PDB ID的DOI格式10.2210/pdb_1000axyz/pdb。
  > PDB entries deposited on or after July 21, 2027 , will use the 12-character PDB ID DOI format 10.2210/pdb_1000axyz/pdb (where pdb_1000axyz is the 12-character PDB ID).
  https://www.rcsb.org/pages/policies (2026-11-12)
- RCSB 旧版 REST 检索与获取接口于 2020-12-09 下线，由 Search API 与 Data API 取代。
  > legacy RCSB PDB APIs (REST search and fetch) will be discontinued on December 9, 2020 as announced previously.
  https://www.rcsb.org/news/5fc9176809ae2a096d081e28 (2026-11-13)
- wwPDB 于 2024-11-01 停用 FTP 下载协议，保留 HTTPS 与 rsync。
  > wwPDB plans to deprecate FTP download protocol on November 1st 2024
  https://pdbj.org/news/Deprecation_FTP_Nov2024 (2026-11-13)
- 过去被拆成多个 PDB 格式文件的大结构已于 2014 年底合并为单一条目。
  > Historically, large files containing >62 chains and/or 99999 ATOM lines were "split" across multiple PDB format files. These files were combined into single entries at the end of 2014
  https://www.rcsb.org/docs/general-help/structures-without-legacy-pdb-format-files (2026-11-13)

### 已知缺陷与常见误用

- 该页面指出，在实验数据存缴成为强制要求之前确定的结构可能已无实验数据，而缺少实验数据时难以验证这些结构。
  > On occasion, the wwPDB is asked to archive a structure that was determined before deposition of experimental data became mandatory and the experimental data are no longer available. It is difficult to validate such structures without experimental data.
  https://www.wwpdb.org/documentation/policy (2026-11-13)
- RCSB 说明：没有提交结构因子的 X 射线结构（多为 2008 年前）无法评估配体与实验数据的吻合度。
  > ligands in X-ray structures lacking associated structure factor data (typically deposited prior to 2008), as goodness-of-fit to the experimental data cannot be calculated without structure factor data.
  https://www.rcsb.org/docs/general-help/ligand-structure-quality-in-pdb-structures (2026-11-13)
- wwPDB 说明：实验数据变更须以新 ID 新条目替代，旧条目被废止但仍留在归档中。
  > The old entry is then obsoleted (if the depositor wishes) and replaced (superseded) by the new one.
  https://www.wwpdb.org/documentation/policy (2026-11-13)
- Buttenschoen、Morris、Deane（PoseBusters）报告：基于 PDB 衍生数据训练的深度学习对接方法常产出物理上不合理的构象，只看 RMSD 不足以评估。
  > It is therefore not sufficient to evaluate these methods solely by RMSD to a native binding mode.
  https://europepmc.org/article/MED/38425520 (2026-11-13)

### 适合的任务

- 该页面指出，年度档案快照可用于提供稳定的条目集合以供分析，并显示wwPDB修复工作带来的变化。
  > The annual archive snapshots provide the data in the archive at the start of each year or at selected milestone moments. These data may be used to provide a stable set of entries for analysis and allow users to see changes introduced due to remediation efforts by wwPDB.
  https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites (2026-11-13)
- RCSB 说明：对尚无实验结构的蛋白及复合物，计算结构模型可作起始模型。
  > Yet CSMs can provide great starting models for the millions of proteins and their complexes whose structures have not been experimentally determined.
  https://www.rcsb.org/docs/general-help/computed-structure-models-and-rcsborg (2026-11-13)

### 不适合的任务

- 完全在计算机中确定的纯理论模型存缴（例如通过同源建模或从头计算方法）已不再被接受。
  > Theoretical model depositions determined purely in silico using, for example, homology or ab initio methods, are no longer accepted.
  https://www.wwpdb.org/documentation/policy (2026-11-13)
- 该页面要求，任何聚合物链中残基少于24个且不符合所述标准的肽晶体结构应存缴至剑桥晶体学数据中心。
  > Crystal structures of peptides with fewer than 24 residues within any polymer chain that do not meet the criteria above should be deposited at the Cambridge Crystallographic Data Centre
  https://www.wwpdb.org/documentation/policy (2026-11-13)

### 尚无有出处的说明

最新版本, 商业授权入口

## 在本库继续查找

本条目是 109 条已处理并核实的记录之一（数据集、数据资源与开源模型）。查找其他条目：调用 `https://mcp.mdexa.com/v1/datasets?q=<关键词>`，或连接 MCP 服务 `https://mcp.mdexa.com/mcp`；每分钟 20 次以内无需密钥。每行返回不到 1 KB；空结果即"数据库未收录"。核对一份清单：一次批量核对（免费账号）即返回报告。说明：/agents.md。相似条目：AlphaFold Protein Structure Database (https://mdexa.com/zh/datasets/alphafold-db/)；GEO (https://mdexa.com/zh/datasets/geo/)；gnomAD (https://mdexa.com/zh/datasets/gnomad/)。