# STRING

许可证声明：宽松（CC-BY-4.0）；本站处理：只链接原出处。第二遍复核：license_status: looser by the source's own words (looser-explicit): 【标准许可误作自定义条款】条款页明写全部数据与下载文件采用 CC BY 4.0，并明说可用于商业用途、可用于 AI 训练、衍生文件可再分发。快照中没有甲类句："其他来源的材料仍受原提供方条款约束"属丙类（设 third_party_rights_notice，不降级，第23条），"请勿抓取 HTML""限量访问"属乙类行为义务。按原文应为 permissive（标识 CC-BY-4.0，而非 LicenseRef-STRING-Consortium-terms）；比拟定更宽，按第25条只在原文明示许可时放宽，此处原文明示，交采纳环节放宽，脚本不会自动放宽。；commercial_use: looser by the source's own words (looser-explicit): 原文明示 "including commercial use"，唯一条件是署名（乙类）。署名不使商用变成 conditional，按原文应为 yes；比拟定更宽，交采纳环节决定。。

- 能否商用：是 · 能否改编：是 · 能否再分发：是 · Mdexa 提供文件：否
- 许可证状态：宽松 (CC-BY-4.0)
- Mdexa 处理：只链接 — 许可证状态：宽松，按公开规则判定并经第二遍模型复核。仅链接。
- 最近核实：2026-11-14
- 信息卡：https://mdexa.com/zh/datasets/string/

## 关键事实

- 领域：基因与组学
- 内容类型：结构化数据库
- 规模：— — 59'309'604 proteins from 12535 organisms
- 语言：英文
- 模态：表格, 图谱
- 发布方：STRING Consortium
- 年份：September 29, 2026

## STRING 是否允许商业使用

- 商业使用：是。
整体结论取各部分中最严的一项；各部分许可不同，见下列。
- 许可状态：宽松。
- 条件：署名
- 许可部分：主体数据 — 宽松 (NOASSERTION)
- 许可部分：STRING data and download files — 宽松 (CC-BY-4.0)
结论仅记录来源所述，不构成法律意见。

## STRING 许可证证据

各部分均宽松，条件取各部分的并集STRING 收录或显示的其他资源的材料仍受其原提供方条款约束：使用前核对例外。

- **使用条款页** — CC-BY-4.0：在快照 s02（page）中找到的声明 — "All data and download files in STRING are freely available under the Creative Commons Attribution 4.0 (CC BY 4.0) license." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "When using the data, please credit STRING and indicate any changes or additions you made to the data." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "The license covers the following STRING outputs, whether obtained from the website, the APIs or the download files: network images, functional enrichment graphs, tables, data files, individual scores and data points, and screenshots of the STRING website." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Material from other resources that STRING incorporates or displays remains subject to the terms of its original provider." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "No separate permission is needed to publish the STRING outputs listed above." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "The license allows their use in any medium and format, print or digital: in open access (CC BY) and subscription journals, books, theses and presentations, including commercial use." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "The only condition is attribution: please cite STRING (see References ) and indicate if you modified the material." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "STRING outputs may be used in AI applications, such as MCP servers, retrieval-augmented generation (RAG), knowledge graphs and agent tools, and for training or evaluating machine learning models." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Derived files, such as indexes, may also be redistributed given clear attribution to STRING." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Please name STRING and its version as the source in the metadata that accompanies the data, so that an agent can tell where the data came from and cite and link to STRING in its answers." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "For trained models, please credit STRING and its version in the model or dataset documentation." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "The STRING name and logo may be reproduced without modification to identify STRING as a data source or tool, for example in figures, workflow or pipeline diagrams and presentations, as long as this does not suggest endorsement by the STRING Consortium." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Please bear in mind that this mechanism should only be used for limited or occasional database access, in order to avoid overloading the server." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s02（page）中找到的声明 — "Please do not scrape the HTML page content." — https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13; 亲自打开)

## 来源与血缘

—

## STRING 已知问题

—

## 预检

未预检（数据未入库）。

## STRING 下载、接口与获取方式

Mdexa 站内不提供文件。原始出处：
- https://string-db.org/
- https://string-db.org/cgi/access

### 取用配方

- 最新版本：12.5 (2026-09-29)
- 接口 get_string_ids：`https://string-db.org/api/[output-format]/get_string_ids?identifiers=[your_identifiers]&[optional_parameters]` · 示例 `https://string-db.org/api/tsv/get_string_ids?identifiers=p53%0dcdk2&species=9606`

## STRING 引用格式

原始资料没有给出推荐引用文本。

## 机器可读

- JSON: https://mdexa.com/datasets/string.json
- 2026-11-14 STRING 收录或显示的其他资源的材料仍受其原提供方条款约束：使用前核对例外。
- 2026-11-14 2026-11-14 上架。按公开规则判定，经二次核对后收录。两遍判定不一致，卡上取较严的读法：第二遍复核：license_status: looser by the source's own words (looser-explicit): 【标准许可误作自定义条款】条款页明写全部数据与下载文件采用 CC BY 4.0，并明说可用于商业用途、可用于 AI 训练、衍生文件可再分发。快照中没有甲类句："其他来源的材料仍受原提供方条款约束"属丙类（设 third_party_rights_notice，不降级，第23条），"请勿抓取 HTML""限量访问"属乙类行为义务。按原文应为 permissive（标识 CC-BY-4.0，而非 LicenseRef-STRING-Consortium-terms）；比拟定更宽，按第25条只在原文明示许可时放宽，此处原文明示，交采纳环节放宽，脚本不会自动放宽。；commercial_use: looser by the source's own words (looser-explicit): 原文明示 "including commercial use"，唯一条件是署名（乙类）。署名不使商用变成 conditional，按原文应为 yes；比拟定更宽，交采纳环节决定。

## 实用信息

### 内容范围

- 页面列出 12.5 版自 2026 年 9 月 29 日起为当前版本，包含来自 12,535 个物种的 59,309,604 个蛋白质和 28,464,487,749 个相互作用。
  > 12.5 current: since September 29, 2026 https://string-db.org/ 59'309'604 proteins from 12535 organisms; 28'464'487'749 interactions.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)
- 12.5 版的条目列出 28,464,487,749 个相互作用。
  > 12.5 current: since September 29, 2026 https://string-db.org/ 59'309'604 proteins from 12535 organisms; 28'464'487'749 interactions.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)
- 页面询问 STRING 从哪些数据库提取实验数据，并列出 BIND、DIP、GRID、HPRD、IntAct、MINT 和 PID。
  > Which databases does STRING extract experimental data from? Top &#x2191 BIND, DIP, GRID, HPRD, IntAct, MINT, and PID.
  https://string-db.org/help/faq/ (2026-11-13)
- 页面询问 STRING 从哪些数据库提取人工整理的数据，并列出 Biocarta、BioCyc、GO、KEGG 和 Reactome。
  > From which databases does STRING extract curated data? Top &#x2191 Biocarta, BioCyc, GO, KEGG, and Reactome.
  https://string-db.org/help/faq/ (2026-11-13)

### 标识符

- 常见蛋白质名称、同义词和 UniProt 标识符被映射为 STRING 标识符。
  > Maps common protein names, synonyms and UniProt identifiers into STRING identifiers
  https://string-db.org/help/api/ (2026-11-13)
- 页面说明可以使用常见基因名称、同义词或 UniProt 标识符和登录号调用 STRING API。
  > You can call the STRING API using common gene names, synonyms, or UniProt identifiers and accession numbers.
  https://string-db.org/help/api/ (2026-11-13)
- 文本说明 species 是 NCBI/STRING 分类群标识符，例如人类为 9606。
  > species is the NCBI/STRING taxon identifier, for example 9606 for human
  https://string-db.org/help/api/ (2026-11-13)

### 取用方式

- 网页接口：https://string-db.org/help/api/
- 仅网页界面：https://string-db.org/cgi/access
- 仅网页界面：https://string-db.org/help/faq/

### 版本

- 页面列出 12.5 版自 2026 年 9 月 29 日起为当前版本。
  > 12.5 current: since September 29, 2026
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)

### 已知缺陷与常见误用

- 页面指出 STRING 可能无法始终正确解释原始输入，从而导致错误或不一致的结果。
  > Note: STRING may not always interpret the original inputs correctly, which can lead to errors or inconsistent results.
  https://string-db.org/help/api/ (2026-11-13)
- Blumenthal 等报告：PPI 检测中的研究偏倚与技术偏倚足以产生观察到的幂律度分布；文中把 STRING 列为研究者常用的聚合 PPI 数据库之一。
  > Our findings are supported by mathematical models and extensive simulations, and indicate that study bias and technical bias suffice to produce the observed PL distribution.
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11718653/ (2026-11-14)

### 适合的任务

- 页面说明 STRING 输出可用于 AI 应用，例如 MCP 服务器、检索增强生成、知识图谱和代理工具，以及用于训练或评估机器学习模型。
  > STRING outputs may be used in AI applications, such as MCP servers, retrieval-augmented generation (RAG), knowledge graphs and agent tools, and for training or evaluating machine learning models.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)
- 页面说明发布上述 STRING 输出无需单独许可。
  > No separate permission is needed to publish the STRING outputs listed above.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)
- 页面说明该许可允许以任何媒介和格式（印刷或数字）使用所列输出，涵盖开放获取（CC BY）和订阅期刊、书籍、论文和演示文稿，并包括商业使用。
  > The license allows their use in any medium and format, print or digital: in open access (CC BY) and subscription journals, books, theses and presentations, including commercial use.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)

### 不适合的任务

- 页面指引需要更大量数据的用户（例如人类的所有相互作用）改用下载页面。
  > If you need larger amounts of data (such as for example all interactions in Homo sapiens), please use the Download page instead - which is also more efficient.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)
- 页面说明 Cytoscape 后端 API 目前尚无文档，其用途不超出 Cytoscape App。
  > To make this work, a separate API serves the data to the corresponding 'App' (plugin) in Cytoscape. At present, this API is not yet documented, and we do not recommend it to be used for anything else than the Cytoscape App.
  https://string-db.org/cgi/access (2026-11-13)

### 尚无有出处的说明

更新周期, 破坏性变更, 商业授权入口

## 在本库继续查找

本条目是 109 条已处理并核实的记录之一（数据集、数据资源与开源模型）。查找其他条目：调用 `https://mcp.mdexa.com/v1/datasets?q=<关键词>`，或连接 MCP 服务 `https://mcp.mdexa.com/mcp`；每分钟 20 次以内无需密钥。每行返回不到 1 KB；空结果即"数据库未收录"。核对一份清单：一次批量核对（免费账号）即返回报告。说明：/agents.md。相似条目：AlphaFold Protein Structure Database (https://mdexa.com/zh/datasets/alphafold-db/)；GEO (https://mdexa.com/zh/datasets/geo/)；gnomAD (https://mdexa.com/zh/datasets/gnomad/)。