# UniProt

许可证声明：宽松（CC-BY-4.0）；本站处理：只链接原出处。针对数据的声明允许商用和再分发。

- 能否商用：是 · 能否改编：是 · 能否再分发：是 · Mdexa 提供文件：否
- 许可证状态：宽松 (CC-BY-4.0)
- Mdexa 处理：只链接 — 许可证状态：宽松，按公开规则判定并经第二遍模型复核。仅链接。
- 最近核实：2026-11-13
- 信息卡：https://mdexa.com/zh/datasets/uniprot/

## 关键事实

- 领域：基因与组学
- 内容类型：结构化数据库
- 规模：— — 154,222,205 entries
- 语言：英文
- 模态：文本
- 发布方：UniProt Consortium
- 年份：2026_04

## UniProt 是否允许商业使用

- 商业使用：是。
- 许可状态：宽松。
- 条件：署名
结论仅记录来源所述，不构成法律意见。

## UniProt 许可证证据

针对数据的声明允许商用和再分发

- **使用条款页** — CC-BY-4.0：在快照 s10（terms-page）中找到的声明 — "We have chosen to apply the Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) License to all copyrightable parts of our databases." — https://www.uniprot.org/help/license (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s10（terms-page）中找到的声明 — "We cannot provide unrestricted permission regarding the use of the data, as some data may be covered by patents or other rights." — https://www.uniprot.org/help/license (2026-11-13; 亲自打开)
- **使用条款页**：在快照 s10（terms-page）中找到的声明 — "Any medical or genetic information is provided for research, educational and informational purposes only." — https://www.uniprot.org/help/license (2026-11-13; 亲自打开)

## 来源与血缘

—

## UniProt 已知问题

- 发布方声明不对数据正确性作任何担保，并拒绝承担因使用数据造成的损害责任。
- 许可帮助页快照仅显示通用回退提示，未包含许可正文。

## 预检

未预检（数据未入库）。

## UniProt 下载、接口与获取方式

Mdexa 站内不提供文件。原始出处：
- https://www.uniprot.org/
- https://www.uniprot.org/help/license

### 取用配方

- 最新版本：2026_04 (2026-11-04)
- Swiss-Prot xml · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.xml.gz
- Swiss-Prot fasta · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz
- Swiss-Prot text · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.dat.gz
- TrEMBL xml · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.xml.gz
- TrEMBL fasta · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz
- TrEMBL text · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.dat.gz
- Isoform sequences fasta · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot_varsplic.fasta.gz
- UniRef100 xml · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.xml.gz
- UniRef100 fasta · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.fasta.gz
- UniRef90 xml · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.xml.gz
- UniRef90 fasta · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz
- UniRef50 fasta · https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref50/uniref50.fasta.gz

```sh
curl -L --create-dirs -o "uniprot_sprot.xml.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.xml.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniprot_sprot.fasta.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniprot_sprot.dat.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.dat.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniprot_trembl.xml.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.xml.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniprot_trembl.fasta.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniprot_trembl.dat.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.dat.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniprot_sprot_varsplic.fasta.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot_varsplic.fasta.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniref100.xml.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.xml.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniref100.fasta.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.fasta.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniref90.xml.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.xml.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniref90.fasta.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz"
curl -L --create-dirs -o "uniref50.fasta.gz" "https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref50/uniref50.fasta.gz"
```

## UniProt 引用格式

原始资料没有给出推荐引用文本。

## 机器可读

- JSON: https://mdexa.com/datasets/uniprot.json
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-14 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
- 2026-11-13 2026-11-13 上架。按公开规则判定，经二次核对后收录。 以下页面未能取到：UniProt FTP 知识库 README 与 UniRef README（连接超时），以及 API 与下载帮助页（只返回脚本外壳）。结论依据已取到的页面：UniProt 许可页与发布说明。

## 实用信息

### 内容范围

- UniProtKB 2026_04 版包含 154,222,205 条条目，其中 UniProtKB/Swiss-Prot 有 576,073 条，UniProtKB/TrEMBL 有 153,646,132 条。
  > UniProtKB Release 2026_04 consists of 154,222,205 entries (UniProtKB/Swiss-Prot: 576,073 entries and UniProtKB/TrEMBL: 153,646,132 entries)
  https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/relnotes.txt (2026-11-13)
- 2026_04 版的 UniRef100 部分包含 227,086,028 条条目。
  > UniRef100 Release 2026_04 consists of 227,086,028 entries
  https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/relnotes.txt (2026-11-13)

### 取用方式

- 批量下载：https://www.uniprot.org/downloads
- 仅网页界面：https://www.uniprot.org
- 网页接口：https://rest.uniprot.org/help/programmatic_access
- 网页接口：https://rest.uniprot.org/help/license

### 版本

- 所宣布的 UniProt 知识库（UniProtKB）版本为 2026_04 版，日期为 2026 年 11 月 4 日。
  > is pleased to announce UniProt Knowledgebase (UniProtKB) Release 2026_04 (04-Nov-2026).
  https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/relnotes.txt (2026-11-13)
- UniProt 在 2025 年 NAR 论文中宣布拟将未审阅（TrEMBL）条目限于参考蛋白质组，预计未审阅条目数先下降；被排除的序列仍保留在 UniParc。
  > It is our intention in 2025 to limit the unreviewed sequences in UniProtKB/TrEMBL to only those derived from reference proteomes
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701636/ (2026-11-13)
- 此前自 2015_04 版起已执行蛋白质组去冗余，删去冗余蛋白质组中的蛋白。
  > Methods to reduce proteome redundancy have been in effect since release 2015_04.
  https://rest.uniprot.org/help/proteome_redundancy (2026-11-13)
- UniRef 聚类规则在 2013 年变更：此前没有 80% 覆盖度阈值，旧簇内长度差异更大。
  > Prior to 2013 there was no overlap threshold, so clusters were more heterogeneous in length.
  https://rest.uniprot.org/help/uniref (2026-11-13)

### 已知缺陷与常见误用

- Schnoes 等发现：在 37 个酶家族中 Swiss-Prot 多数家族误注释接近 0%，而 TrEMBL、GenBank NR、KEGG 在六个超家族中平均误注释为 5%–63%。
  > the two other protein sequence databases (GenBank NR and TrEMBL) and the protein sequences in the KEGG pathways database exhibit similar and surprisingly high levels of misannotation that average 5%–63% across the six superfamilies studied.
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2781113/ (2026-11-13)
- UniProt 说明 TrEMBL 条目由自动系统计算注释，不同于经人工审阅的 Swiss-Prot。
  > In the latter, entries are computationally annotated by automated systems.
  https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701636/ (2026-11-13)

### 适合的任务

- UniProt 推荐用 UniRef90/UniRef50 做相似性检索：在保留序列空间完整覆盖的同时降低冗余（体积约减少 58% 与 79%）。
  > UniRef, especially UniRef90 and UniRef50, decreases sequence redundancy compared to UniProtKB and UniParc, while maintaining complete coverage of the sequence space.
  https://rest.uniprot.org/help/uniref_blast_use (2026-11-13)

### 尚无有出处的说明

更新周期, 不适合的任务, 商业授权入口

## 在本库继续查找

本条目是 109 条已处理并核实的记录之一（数据集、数据资源与开源模型）。查找其他条目：调用 `https://mcp.mdexa.com/v1/datasets?q=<关键词>`，或连接 MCP 服务 `https://mcp.mdexa.com/mcp`；每分钟 20 次以内无需密钥。每行返回不到 1 KB；空结果即"数据库未收录"。核对一份清单：一次批量核对（免费账号）即返回报告。说明：/agents.md。相似条目：AlphaFold Protein Structure Database (https://mdexa.com/zh/datasets/alphafold-db/)；GEO (https://mdexa.com/zh/datasets/geo/)；gnomAD (https://mdexa.com/zh/datasets/gnomad/)。