AlphaFold Protein Structure Database
Mdexa 已核实 · 依据公开的判定规则，逐条对照来源原文核实。了解核查方法
- 能否商用
- 是
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- 是
- 能否再分发
- 是
- Mdexa 提供文件
- 否只链接
针对数据的声明允许商用和再分发
引用本页Mdexa, AlphaFold Protein Structure Database, https://mdexa.com/zh/datasets/alphafold-db/, 核实于 2026-11-14.
来源风险加工自其他数据集模型生成
关键事实
- 领域
- 基因与组学 现代医学
- 内容
- 结构化数据库由Google DeepMind与EMBL-EBI共同开发的开放获取蛋白质结构预测数据库，收录逾2.6亿条预测，广泛覆盖UniProt蛋白序列。
- 规模
- —原文：over 260 million protein structure predictions
- 语言 / 模态
- 英文 / 文本
- 发布方
- Google DeepMind and EMBL-EBI
- 年份
- —
- 专家审核
- —
- 核实等级
- 已核实：看到许可证文字
AlphaFold Protein Structure Database 是否允许商业使用
商业使用：是。 许可状态为宽松。
- 条件
- 署名
原文与出处见 AlphaFold Protein Structure Database 许可证证据。
结论仅记录来源所述，不构成法律意见。
实用信息
内容范围
- 页面称 AlphaFold DB 提供超过 2.6 亿个蛋白质结构预测的开放访问，以加速科学研究。
alphafold.ebi.ac.uk ·
AlphaFold DB provides open access to over 260 million protein structure predictions to accelerate scientific research.
https://alphafold.ebi.ac.uk/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12
- 页面称最新数据库版本包含超过 2 亿个条目，并广泛覆盖 UniProt，即蛋白质序列和注释的标准库。
alphafold.ebi.ac.uk ·
The latest database release contains over 200 million entries, providing broad coverage of UniProt (the standard repository of protein sequences and annotations).
https://alphafold.ebi.ac.uk/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12
- 日期为 2025-09-15 的更新日志条目称有 241,070,489 个结构。
ftp.ebi.ac.uk ·
241,070,489 structures
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13
- 页面称提供人类蛋白质组以及另外 47 个在研究和全球健康方面重要的关键生物蛋白质组的单独下载。
alphafold.ebi.ac.uk ·
We provide individual downloads for the human proteome and for the proteomes of 47 other key organisms important in research and global health.
https://alphafold.ebi.ac.uk/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12
标识符
- AlphaFold DB identifierREADME 列出一个 AlphaFold DB 标识符列，示例为 AF-A8H2R3-F1。
ftp.ebi.ac.uk ·
AlphaFold DB identifier, e.g. AF-A8H2R3-F1
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/README.txt · README · 核实于 2026-11-13
- → UniProtREADME 的 FASTA 标识符行包含 UA=UniprotAccession 和 UI=UniprotIdentifier 字段。
ftp.ebi.ac.uk ·
>AFDB:UniqueIdentifier ProteinName UA=UniprotAccession UI=UniprotIdentifier
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/README.txt · README · 核实于 2026-11-13
取用方式
- 批量下载ftp.ebi.ac.uk PDB · mmCIF
条款同本卡许可。
- 仅网页界面pmc.ncbi.nlm.nih.gov
条款同本卡许可。
版本
- 最新更新日志中最新带日期的条目为 2025-09-15。
ftp.ebi.ac.uk ·
## 2025-09-15
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13
- 破坏性变更更新日志称 CIF 的 _database_2.database_id 值从 AF 改为 AlphaFoldDB。
ftp.ebi.ac.uk ·
CIF: Updated `_database_2.database_id` from `AF` to `AlphaFoldDB`
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13
- 破坏性变更更新日志称所有 CIF 文件现已符合 ModelCIF。
ftp.ebi.ac.uk ·
All CIF files are now ModelCIF-compliant
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13
- 破坏性变更更新日志称 accession_ids.txt 已重命名为 accession_ids.csv。
ftp.ebi.ac.uk ·
FTP: Renamed accession_ids.txt to accession_ids.csv.
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13
- 破坏性变更更新日志列出移除数量 39,324,993。
ftp.ebi.ac.uk ·
Removed: 39,324,993
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13
- 破坏性变更2025-09-15 版本把 mmCIF 中的整体 pLDDT 改为按残基平均，而非按原子平均。
ftp.ebi.ac.uk ·
* CIF: Fixed global pLDDT `_ma_qa_metric_global.metric_value` to be computed as
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · official-release-notes · 核实于 2026-11-14
- 破坏性变更2022-11-01（v4）版本约 4.4% 的预测坐标被更新，相邻 CA-CA 距离超过 10 Å 的结构被过滤掉。
ftp.ebi.ac.uk ·
* Structures with consecutive CA-CA distance > 10 A are now filtered out.
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · official-release-notes · 核实于 2026-11-14
- 破坏性变更2022-07-28 版本所有 CIF 文件改为符合 ModelCIF，PAE 文件格式也随之改变。
ftp.ebi.ac.uk ·
* All CIF files are now ModelCIF-compliant
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/alphafold/CHANGELOG.txt · official-release-notes · 核实于 2026-11-14
适合的任务
- 页面称支持针对耐药机制和新型抗菌策略的研究。
alphafold.ebi.ac.uk ·
Supports research into resistance mechanisms and new antimicrobial strategies.
https://alphafold.ebi.ac.uk/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12
- 页面称支持对具有重大全球公共卫生重要性的病原体的研究。
alphafold.ebi.ac.uk ·
Supports research on pathogens of major global public health importance.
https://alphafold.ebi.ac.uk/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12
- Terwilliger 等建议把 AlphaFold 预测当作假设，它能加速但不能取代实验结构测定。
pmc.ncbi.nlm.nih.gov ·
We suggest considering AlphaFold predictions as exceptionally useful hypotheses.
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10776388/ · peer-reviewed-paper · 核实于 2026-11-14
- AlphaFold DB 称 pLDDT 高于 90 的区域通常建模精度高，可用于表征结合位点等应用。
pmc.ncbi.nlm.nih.gov ·
Regions with pLDDT greater than 90 are generally modelled with high accuracy, making them suitable for high accuracy-dependent applications such as characterising binding sites.
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10767828/ · peer-reviewed-paper · 核实于 2026-11-14
不适合的任务
- 页面称如某用途未被该数据库覆盖，用户可使用该开源代码自行生成 AlphaFold 预测。
alphafold.ebi.ac.uk ·
If your use case isn't covered by the database, you can generate your own AlphaFold predictions using this open source code
https://alphafold.ebi.ac.uk/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12
AlphaFold Protein Structure Database 许可证证据 8
-
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CC-BY-4.0第三方原文 · 数据集页面
Data is available for academic and commercial use, under a CC-BY-4.0 licence.
在快照 s01（page）中找到的声明
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第三方原文 · 数据集页面
EMBL-EBI expects attribution (e.g., in publications, services, or products) for any of its online services, databases, or software in accordance with good scientific practice.
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第三方原文 · 数据集页面
AlphaFold Data Copyright (2022) DeepMind Technologies Limited.
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第三方原文 · 数据集页面
Kinetoplastid data copyright (2025) Wheeler Lab
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第三方原文 · 数据集页面
AllTheBacteria data copyright (2025) AllTheBacteria Consortium
在快照 s01（page）中找到的声明
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第三方原文 · 数据集页面
A BFVD Data Copyright (2025) The BFVD Development Team
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AlphaMissense Copyright (2023) DeepMind Technologies Limited.
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第三方原文 · 网站页脚
Copyright © EMBL 2023 EMBL-EBI is part of the European Molecular Biology Laboratory Terms of use
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来源与血缘
- 加工自UniProt未收录
- 加工自PDB未收录
AlphaFold Protein Structure Database 已知问题
—
预检
未预检 数据未入库，预检只对入库数据运行，不代表质量好坏。
AlphaFold Protein Structure Database 下载、接口与获取方式
Mdexa 不提供文件，原因见结论。到原始出处获取，使用前请再确认条款：
AlphaFold Protein Structure Database 引用格式
Mdexa, AlphaFold Protein Structure Database, https://mdexa.com/zh/datasets/alphafold-db/, 核实于 2026-11-14.
更多引用信息
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机器可读
alphafold-db.jsonalphafold-db.mdcatalog.json
修改记录 8
| 2026-11-14 | 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 | |
| 2026-11-14 | 实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。 | |
| 2026-11-14 | 补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。 | |
| 2026-11-14 | 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 | |
| 2026-11-14 | 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 | |
| 2026-11-13 | 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 | |
| 2026-11-13 | 按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。 | |
| 2026-11-13 | 经自动流水线收录并通过全部校验（门禁、逐字引用、判定引擎、两轮独立抽取）。 |
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共同：来源类型 文献 · 领域 基因与组学 · 内容 结构化数据库
尚无有出处的说明
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