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许可证状态与本站处理分开记录全部数据集

BindingDB

Mdexa 已核实 · 依据公开的判定规则，逐条对照来源原文核实。了解核查方法

能否商用
是
能否改编
是
能否再分发
是
Mdexa 提供文件
否只链接

各部分均宽松，条件取各部分的并集

宽松只链接CC-BY-3.0收藏

徽章

Mdexa 核实 · 宽松 · 2026-11Mdexa 核实宽松 · 2026-11

[![Mdexa verified · Permissive · 2026-11](https://mcp.mdexa.com/v1/badge/datasets/bindingdb.svg)](https://mdexa.com/datasets/bindingdb/)

可放置于代码仓库或数据集页面；状态与日期随核实结果更新。 说明

引用本页Mdexa, BindingDB, https://mdexa.com/zh/datasets/bindingdb/, 核实于 2026-11-14.

来源风险加工自其他数据集

关键事实

领域
药学与药物 现代医学
内容
结构化数据库公开的网络访问数据库，收录候选药物靶点蛋白与小分子类药物配体之间测定的结合亲和力数据，用于药物发现与药物化学。
规模
—原文：3.2M data for 1.4M Compounds and 11.5K Targets
语言 / 模态
英文 / 表格
发布方
University of California San Diego (BindingDB)
年份
—
专家审核
—
核实等级
已核实：看到许可证文字

BindingDB 是否允许商业使用

商业使用：是。 整体结论取各部分中最严的一项；各部分许可不同，见下列。许可状态为宽松。

条件
署名、相同方式共享
许可部分
Data imported from ChEMBL — 宽松 (CC-BY-SA-3.0)
许可部分
data curated by BindingDB staff — 宽松 (CC-BY-3.0)

原文与出处见 BindingDB 许可证证据。

结论仅记录来源所述，不构成法律意见。

实用信息

内容范围

  • BindingDB 包含约 3,241,782 条结合数据，涵盖 11,509 个蛋白质和超过 1,440,011 个类药分子。
    bindingdb.org ·
    BindingDB currently contains about 3,241,782 binding data for 11,509 proteins and over 1,440,011 drug-like molecules.

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

  • 其中 160 万条数据、77.2 万个化合物和 4.8 千个靶标是由 BindingDB 策展人员整理的。
    bindingdb.org ·
    Of those, 1.6M data for 772K Compounds and 4.8K Targets were curated by BindingDB curators.

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

  • 数据采集来自多种测量技术，包括酶抑制与动力学、等温滴定量热法、核磁共振以及放射配体和竞争分析。
    bindingdb.org ·
    The data collection derives from a variety of measurement techniques, including enzyme inhibition and kinetics, isothermal titration calorimetry, NMR, and radioligand and competition assays.

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

  • BindingDB 包含该项目从文献和专利中提取的数据、选定的 PubChem 确证性生物测定，以及具有明确定义蛋白质靶标的 ChEMBL 条目。
    bindingdb.org ·
    BindingDB includes data extracted from the literature and patents by the BindingDB project, selected PubChem confirmatory BioAssays, and ChEMBL entries for which a well defined protein target ("TARGET_TYPE='PROTEIN'") is provided.

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

  • BindingDB 还包含一小部分主客体结合数据。
    bindingdb.org ·
    BindingDB also includes a small collection of host-guest binding data of interest to chemists studying supramolecular systems.

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

标识符

  • BindingDB monomer (compound) IDBindingDB 使用单体（化合物）ID，并有一个下载文件将其映射到 PubChem CID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_CID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to PubChem CIDs. 23.67 MB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • BindingDB polymer (single protein) IDBindingDB 使用聚合物（单一蛋白质）ID，并在一个下载文件中映射到 UniProt ID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_UniProt.txt ( Mapping of BindingDB polymer (single protein) IDs to UniProt IDs. 572.93 KB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • → PubChem CIDs一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 PubChem CID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_CID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to PubChem CIDs. 23.67 MB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • → PubChem SIDs一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 PubChem SID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_SID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to PubChem SIDs. 24.44 MB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • → ChEBI一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 CHEBI ID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_CHEBI_ID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to CHEBI IDs. 191.64 KB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • → DrugBank一个下载文件将 BindingDB 单体（化合物）ID 映射到 DrugBank ID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_DrugBankID.txt ( Mapping of BindingDB monomer (compound) IDs to DrugBank IDs. 41.02 KB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • → UniProt一个下载文件将 BindingDB 聚合物（单一蛋白质）ID 映射到 UniProt ID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_UniProt.txt ( Mapping of BindingDB polymer (single protein) IDs to UniProt IDs. 572.93 KB, updated 2026-10-01)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • → PubMed一个下载文件收集了 BindingDB 中的 PubMed ID。
    bindingdb.org ·
    BindingDB_PubMed.txt ( Collection of PubMed IDs in BindingDB. 396.56 KB, updated 2026-11-13)

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

取用方式

版本

已知缺陷与常见误用

  • BindingDB 作者：最常见的整理错误（BindingDB 或 ChEMBL 造成）是 1000 倍单位错误，如把 µM 的 IC50 记成 nM。
    pmc.ncbi.nlm.nih.gov ·
    These appear most commonly as a factor of 1000 error resulting from miscuration of e.g. an IC50 value as nanomolar instead of micromolar or vice versa .

    https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ · peer-reviewed-paper · 核实于 2026-11-13

  • BindingDB 作者：其次常见的是靶蛋白识别错误，多发生在一篇专利或文章涉及多个靶点或亚型时。
    pmc.ncbi.nlm.nih.gov ·
    Based on user feedback, the next most common error appears to be misidentification of a protein target.

    https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ · peer-reviewed-paper · 核实于 2026-11-13

  • 来源专利或文章本身的错误 BindingDB 难以发现，只有同一亲和力被多次测量时才可能作为离群值显现。
    pmc.ncbi.nlm.nih.gov ·
    Such errors are difficult for us to discover and hence correct, though they might be flagged as outliers in cases where the same protein-ligand affinity has been measured more than once.

    https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11701568/ · peer-reviewed-paper · 核实于 2026-11-13

适合的任务

  • BindingDB 声明其通过文献追踪和 SAR/QSAR 开发，以及对接、打分和自由能方法等计算方法的验证，支持药物化学和药物发现。
    bindingdb.org ·
    BindingDB supports medicinal chemistry and drug discovery via literature awareness and development of structure-activity relations (SAR and QSAR); validation of computational chemistry and molecular modeling approaches such as docking, scoring and free energy methods

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

  • 为帮助训练和测试 AI 及其他模型，BindingDB 下载数据和搜索结果提供每条测定的出版日期与 BindingDB 策展日期。
    bindingdb.org ·
    To help with training and testing AI and other models, BindingDB downloads and search results now provide the publication date and BindingDB curation date of each measurement.

    https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp · 数据集页面 · 核实于 2026-11-12

标签

适用用途
评测

第三方原文摘录To help with training and testing AI and other models, BindingDB downloads and search results now provide the publication date and BindingDB curation date of each measurement.快照 s02

专科
药学
来源类型
文献

第三方原文摘录BindingDB includes data extracted from the literature and patents by the BindingDB project快照 s02

知识库生成

第三方原文摘录BindingDB in 2024: a FAIR knowledgebase of protein-small molecule binding data快照 s02

专家参与
逐条审核
数据格式
TSV

作者声明据内容推断人工确认

BindingDB 许可证证据 4

  1. 使用条款页亲自打开
    第三方原文 · 使用条款页Data imported from ChEMBL are provided under their Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License .

    在快照 s02（page）中找到的声明

    bindingdb.org2026-11-12 · s02
  2. 使用条款页亲自打开
    第三方原文 · 使用条款页All data curated by BindingDB staff are provided under the Creative Commons Attribution 3.0 License .

    在快照 s02（page）中找到的声明

    bindingdb.org2026-11-12 · s02
  3. 数据集页面亲自打开
    第三方原文 · 数据集页面Data imported from ChEMBL are provided under their Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License

    在快照 s02（page）中找到：Part "data imported from ChEMBL"

    bindingdb.org2026-11-12 · s02
  4. 数据集页面亲自打开
    第三方原文 · 数据集页面All data curated by BindingDB staff are provided under the Creative Commons Attribution 3.0 License

    在快照 s02（page）中找到：Part "data curated by BindingDB staff"

    bindingdb.org2026-11-12 · s02

来源与血缘

  • 加工自ChEMBL未收录
  • 加工自PubChem confirmatory BioAssays未收录

BindingDB 已知问题

—

预检

未预检 数据未入库，预检只对入库数据运行，不代表质量好坏。

BindingDB 下载、接口与获取方式

Mdexa 不提供文件，原因见结论。到原始出处获取，使用前请再确认条款：

BindingDB 引用格式

Mdexa, BindingDB, https://mdexa.com/zh/datasets/bindingdb/, 核实于 2026-11-14.
更多引用信息

原始资料没有给出推荐引用文本，上面是本信息卡的引用。

机器可读

bindingdb.jsonbindingdb.mdcatalog.json

修改记录 37
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
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2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13经自动流水线收录并通过全部校验（门禁、逐字引用、判定引擎、两轮独立抽取）。

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