注册 控制台

现代医学75

传统医学24

通用12

专题合集

模型8

许可证状态与本站处理分开记录全部数据集

RCSB Protein Data Bank

Mdexa 已核实 · 依据公开的判定规则，逐条对照来源原文核实。了解核查方法

能否商用
是
能否改编
是
能否再分发
是
Mdexa 提供文件
否只链接

各部分均宽松，条件取各部分的并集

宽松只链接CC0-1.0收藏

徽章

Mdexa 核实 · 宽松 · 2026-11Mdexa 核实宽松 · 2026-11

[![Mdexa verified · Permissive · 2026-11](https://mcp.mdexa.com/v1/badge/datasets/rcsb-pdb.svg)](https://mdexa.com/datasets/rcsb-pdb/)

可放置于代码仓库或数据集页面；状态与日期随核实结果更新。 说明

引用本页Mdexa, RCSB Protein Data Bank, https://mdexa.com/zh/datasets/rcsb-pdb/, 核实于 2026-11-14.

关键事实

领域
基因与组学 现代医学
内容
结构化数据库RCSB PDB 通过检索、可视化与分析三维结构数据的工具推动科学发现，是世界蛋白质数据库合作组织的成员。
规模
—
语言 / 模态
英文 / 文本
发布方
RCSB PDB (wwPDB)
年份
1971
专家审核
—
核实等级
已核实：看到许可证文字

RCSB Protein Data Bank 是否允许商业使用

商业使用：是。 整体结论取各部分中最严的一项；各部分许可不同，见下列。许可状态为宽松。

条件
署名、保留声明
许可部分
data files contained in the PDB archive — 宽松 (CC0-1.0)
许可部分
RCSB PDB programmatic APIs — 宽松 (CC0-1.0)
许可部分
RCSB PDB software products — 宽松 (Apache-2.0)
许可部分
Molecule of the Month illustrations — 宽松 (CC-BY-4.0)
许可部分
PDB-101 content — 宽松 (CC-BY-4.0)
许可部分
Other RCSB.org content — 宽松 (CC-BY-4.0)

原文与出处见 RCSB Protein Data Bank 许可证证据。

结论仅记录来源所述，不构成法律意见。

实用信息

内容范围

  • 自1971年以来，PDB档案一直被称为蛋白质、核酸和复杂组装体三维结构信息的单一存储库。
    wwpdb.org ·
    Since 1971, the Protein Data Bank archive (PDB) has served as the single repository of information about the 3D structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies.

    https://www.wwpdb.org/ · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • 由X射线晶体学、核磁共振、电子显微镜、中子衍射、粉末衍射和纤维衍射产生的坐标集，只要所研究的分子满足最小尺寸要求，就可以存入PDB。
    wwpdb.org ·
    Currently, coordinate sets produced by X-ray crystallography, NMR, electron microscopy, neutron diffraction, powder diffraction, and fiber diffraction can be deposited to the PDB, provided the molecule studied meets the minimum size requirement.

    https://www.wwpdb.org/documentation/policy · 使用条款页 · 核实于 2026-11-13

标识符

  • PDB IDPDB条目会被分配一个PDB ID，并且常由结构作者在出版物中描述。
    rcsb.org ·
    PDB entries are assigned a PDB ID and are frequently described in a publication by the structure authors.

    https://www.rcsb.org/pages/policies · 使用条款页 · 核实于 2026-11-12

  • entry_idcore_entry对象对应PDB条目或计算结构模型，由entry_id标识，该标识可以是字母数字PDB-ID，或以AF_或MA_开头的CSM-ID。
    rcsb.org ·
    core_entry : data that relates to a PDB entry or Computed Structure Model (CSM). Identified by an entry_id, which can be an alphanumeric PDB-ID or a CSM-ID that starts with AF_ or MA_

    https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview · api-doc · 核实于 2026-11-13

  • chem_comp_idcore_chem_comp对象是化学组分，由唯一的字母数字代码chem_comp_id标识。
    rcsb.org ·
    core_chem_comp : a chemical component. Identified by a unique alphanumeric code chem_comp_id

    https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview · api-doc · 核实于 2026-11-13

  • → NCBI RefSeq 与 UniProtSequence Coordinates API提供结构数据库与序列数据库之间的比对，比对数据涵盖NCBI RefSeq、UniProt和PDB序列。
    rcsb.org ·
    The Sequence Coordinates API provides alignments between structural and sequence databases and integrates protein positional features from multiple resources. Alignment data is available for NCBI RefSeq (including protein and genomic sequences), UniProt and PDB sequences.

    https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview · api-doc · 核实于 2026-11-13

取用方式

  • 网页接口rcsb.org JSON
    • 单独条款：商用 有条件 · 再分发 有条件
      rcsb.org ·
      Data provided by RCSB PDB programmatic APIs are available under the same license unless they originate from an integrated external resource , in which case the licensing restrictions applied by the data provider must be followed.

      https://www.rcsb.org/pages/policies · 使用条款页 · 核实于 2026-11-12

    • 所有RCSB PDB API都设有速率限制；页面建议从每秒少量请求开始，超出限制时服务会返回429 HTTP错误码，提示需要降低请求速率。
      rcsb.org ·
      all RCSB PDB APIs have rate limits in place. We recommend starting with a handful of requests per second. If you exceed the limit, the service will respond with a 429 HTTP error code, indicating that you need to reduce your request rate as described below.

      https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview · api-doc · 核实于 2026-11-13

  • 批量下载files.wwpdb.org PDBx/mmCIF · XML · PDB

    条款同本卡许可。

    • PDB档案中的FTP文件下载协议自2024年11月1日起已被弃用。
      wwpdb.org ·
      Please note that the FTP file download protocol in the PDB archive has been deprecated since November 1st 2024 ( announcement ).

      https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • 网页接口rcsb.org

    条款同本卡许可。

版本

  • 更新周期PDB档案和版本化档案每周三00:00 UTC更新。
    wwpdb.org ·
    The PDB archive and versioned archive are updated every Wednesday at 00:00 UTC.

    https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • 破坏性变更2027年7月21日及以后存缴的PDB条目将使用12字符PDB ID的DOI格式10.2210/pdb_1000axyz/pdb。
    rcsb.org ·
    PDB entries deposited on or after July 21, 2027 , will use the 12-character PDB ID DOI format 10.2210/pdb_1000axyz/pdb (where pdb_1000axyz is the 12-character PDB ID).

    https://www.rcsb.org/pages/policies · 使用条款页 · 核实于 2026-11-12

  • 破坏性变更RCSB 旧版 REST 检索与获取接口于 2020-12-09 下线，由 Search API 与 Data API 取代。
    rcsb.org ·
    legacy RCSB PDB APIs (REST search and fetch) will be discontinued on December 9, 2020 as announced previously.

    https://www.rcsb.org/news/5fc9176809ae2a096d081e28 · official-change-notice · 核实于 2026-11-13

  • 破坏性变更wwPDB 于 2024-11-01 停用 FTP 下载协议，保留 HTTPS 与 rsync。
    pdbj.org ·
    wwPDB plans to deprecate FTP download protocol on November 1st 2024

    https://pdbj.org/news/Deprecation_FTP_Nov2024 · official-change-notice · 核实于 2026-11-13

  • 破坏性变更过去被拆成多个 PDB 格式文件的大结构已于 2014 年底合并为单一条目。
    rcsb.org ·
    Historically, large files containing >62 chains and/or 99999 ATOM lines were "split" across multiple PDB format files. These files were combined into single entries at the end of 2014

    https://www.rcsb.org/docs/general-help/structures-without-legacy-pdb-format-files · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

已知缺陷与常见误用

  • 该页面指出，在实验数据存缴成为强制要求之前确定的结构可能已无实验数据，而缺少实验数据时难以验证这些结构。
    wwpdb.org ·
    On occasion, the wwPDB is asked to archive a structure that was determined before deposition of experimental data became mandatory and the experimental data are no longer available. It is difficult to validate such structures without experimental data.

    https://www.wwpdb.org/documentation/policy · 使用条款页 · 核实于 2026-11-13

  • RCSB 说明：没有提交结构因子的 X 射线结构（多为 2008 年前）无法评估配体与实验数据的吻合度。
    rcsb.org ·
    ligands in X-ray structures lacking associated structure factor data (typically deposited prior to 2008), as goodness-of-fit to the experimental data cannot be calculated without structure factor data.

    https://www.rcsb.org/docs/general-help/ligand-structure-quality-in-pdb-structures · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • wwPDB 说明：实验数据变更须以新 ID 新条目替代，旧条目被废止但仍留在归档中。
    wwpdb.org ·
    The old entry is then obsoleted (if the depositor wishes) and replaced (superseded) by the new one.

    https://www.wwpdb.org/documentation/policy · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • Buttenschoen、Morris、Deane（PoseBusters）报告：基于 PDB 衍生数据训练的深度学习对接方法常产出物理上不合理的构象，只看 RMSD 不足以评估。
    europepmc.org ·
    It is therefore not sufficient to evaluate these methods solely by RMSD to a native binding mode.

    https://europepmc.org/article/MED/38425520 · peer-reviewed-paper · 核实于 2026-11-13

适合的任务

  • 该页面指出，年度档案快照可用于提供稳定的条目集合以供分析，并显示wwPDB修复工作带来的变化。
    wwpdb.org ·
    The annual archive snapshots provide the data in the archive at the start of each year or at selected milestone moments. These data may be used to provide a stable set of entries for analysis and allow users to see changes introduced due to remediation efforts by wwPDB.

    https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

  • RCSB 说明：对尚无实验结构的蛋白及复合物，计算结构模型可作起始模型。
    rcsb.org ·
    Yet CSMs can provide great starting models for the millions of proteins and their complexes whose structures have not been experimentally determined.

    https://www.rcsb.org/docs/general-help/computed-structure-models-and-rcsborg · 数据集页面 · 核实于 2026-11-13

不适合的任务

  • 完全在计算机中确定的纯理论模型存缴（例如通过同源建模或从头计算方法）已不再被接受。
    wwpdb.org ·
    Theoretical model depositions determined purely in silico using, for example, homology or ab initio methods, are no longer accepted.

    https://www.wwpdb.org/documentation/policy · 使用条款页 · 核实于 2026-11-13

  • 该页面要求，任何聚合物链中残基少于24个且不符合所述标准的肽晶体结构应存缴至剑桥晶体学数据中心。
    wwpdb.org ·
    Crystal structures of peptides with fewer than 24 residues within any polymer chain that do not meet the criteria above should be deposited at the Cambridge Crystallographic Data Centre

    https://www.wwpdb.org/documentation/policy · 使用条款页 · 核实于 2026-11-13

RCSB Protein Data Bank 许可证证据 9

  1. 使用条款页亲自打开
    CC0-1.0
    第三方原文 · 使用条款页The wwPDB policy states that data files contained in the PDB archive are available under the CC0 1.0 Univer

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  2. 使用条款页亲自打开
    第三方原文 · 使用条款页Data provided by RCSB PDB programmatic APIs are available under the same license unless they originate from an integrated external resource , in which case the licensing restrictions applied by the data provider must be followed.

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  3. 使用条款页亲自打开
    第三方原文 · 使用条款页RCSB PDB software products are distributed under the terms of an open source license ( MIT or Apache 2.0 ).

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  1. 使用条款页亲自打开
    第三方原文 · 使用条款页Molecule of the Month articles are copyrighted by RCSB PDB and the article authors. Text can be reprinted with permission, with attribution, and without the right to manipulate or change content.

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  2. 使用条款页亲自打开
    CC-BY-4.0
    第三方原文 · 使用条款页Molecule of the Month illustrations are available under a CC-BY-4.0 license .

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  3. 使用条款页亲自打开
    CC-BY-4.0
    第三方原文 · 使用条款页PDB-101 content is free for use under a CC-BY-4.0 license

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  4. 使用条款页亲自打开
    第三方原文 · 使用条款页Global Health articles are copyrighted by RCSB PDB and the article authors.

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  5. 使用条款页亲自打开
    CC-BY-4.0
    第三方原文 · 使用条款页Other RCSB.org content ( e.g. , user guide documentation, statistics graphs, other screenshots) is available under a CC-BY-4.0 license .

    在快照 s02（page）中找到的声明

    rcsb.org2026-11-12 · s02
  6. 数据集页面亲自打开
    第三方原文 · 数据集页面unless they originate from an integrated external resource , in which case the licensing restrictions applied by the data provider must be followed.

    在快照 s02（page）中找到：Part "integrated external resource"

    rcsb.org2026-11-12 · s02

来源与血缘

没有记录上下游数据集。

RCSB Protein Data Bank 已知问题

—

预检

未预检 数据未入库，预检只对入库数据运行，不代表质量好坏。

RCSB Protein Data Bank 下载、接口与获取方式

Mdexa 不提供文件，原因见结论。到原始出处获取，使用前请再确认条款：

RCSB Protein Data Bank 引用格式

Mdexa, RCSB Protein Data Bank, https://mdexa.com/zh/datasets/rcsb-pdb/, 核实于 2026-11-14.
更多引用信息

原始资料没有给出推荐引用文本，上面是本信息卡的引用。

  • 10.1093/nar/28.1.235
  • 10.1093/nar/gkae1091
  • 10.1093/nar/gky949

机器可读

rcsb-pdb.jsonrcsb-pdb.mdcatalog.json

修改记录 29
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14实用卡字段（内容范围、标识符、取用方式、版本、已知缺陷）由自动流水线根据已存快照添加，每条陈述带逐字引文。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-14补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13补入来自所引来源（论文、发布说明、官方页面）的已知缺陷、版本说明与取用方式，每条标明出自谁、何时、来源类型。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13按当前规则重新判定；机器检查仍全部通过。
2026-11-13经自动流水线收录并通过全部校验（门禁、逐字引用、判定引擎、两轮独立抽取）。

与 RCSB Protein Data Bank 相似的数据集

  • AlphaFold Protein Structure DatabaseMdexa 已核实检索知识库带证据引用 宽松只链接 —

    许可证宽松：针对数据的声明允许商用和再分发。来源风险标记：加工自其他数据集、模型生成。只链接原出处。

    基因与组学 · 结构化数据库 · 加工自其他数据集 · 模型生成

    打开信息卡收藏

    共同：领域 基因与组学 · 内容 结构化数据库

  • GEOMdexa 已核实检索知识库 未声明待确认 —

    许可证状态：未声明，按公开规则判定并经第二遍模型复核。许可问题仍未解决。

    基因与组学 · 结构化数据库

    打开信息卡收藏

    共同：领域 基因与组学 · 内容 结构化数据库

  • gnomADMdexa 已核实检索知识库 宽松只链接 —

    许可证状态：宽松，按公开规则判定并经第二遍模型复核。仅链接。

    基因与组学 · 结构化数据库

    打开信息卡收藏

    共同：领域 基因与组学 · 内容 结构化数据库

  • GTExMdexa 已核实 未声明待确认 —

    许可证状态：未声明，按公开规则判定并经第二遍模型复核。许可问题仍未解决。

    基因与组学 · 结构化数据库 · 真实患者文本

    打开信息卡收藏

    共同：领域 基因与组学 · 内容 结构化数据库

  • HERB中药高通量实验与文献数据库Mdexa 已核实中药与方剂 无法核实待确认 7,263 条

    许可证无法核实：数据库条款页未能打开，未找到数据许可；确认前只链接原出处。

    中药 · 基因与组学 · 药学与药物 · 结构化数据库

    打开信息卡收藏

    共同：领域 基因与组学 · 内容 结构化数据库

尚无有出处的说明

最新版本、商业授权入口